Mở đầu tác phẩm, Hoàng Minh Tường dẫn lời Thân Nhân Trung soạn cho văn bia tiến sĩ đề danh khoa thi năm Nhâm Tuất (1442), trong đó có đoạn “…Hiền tài là nguyên khí của quốc gia. Nguyên khí thịnh thì thế nước mạnh mà hưng thịnh, nguyên khí suy thì thế nước yếu mà thấp hèn. Vì thế các bậc đế vương thánh minh không đời nào không coi việc giáo dục nhân tài, kén chọn kẻ sĩ, vun trồng nguyên khí quốc gia làm công việc cần thiết…”. Hoàng Minh Tường lấy Nguyên Khí làm tựa đề, người đọc không mấy khó khăn cũng hiểu được tư tưởng chủ đạo của nhà văn khi ông viết cuốn tiểu thuyết lịch sử này. Nói cách khác, Nguyên khí chính là hồ sơ tổng hợp dưới dạng văn chương của giới trí thức Việt Nam thời kỳ chế độ phong kiến thông qua hình tượng điển hình: Nguyễn Trãi – Nguyễn Thị Lộ.
Qua tư liệu lịch sử từ các văn bản chính thống còn lại, người ta nhận ra, có một sự khác biệt căn bản nếu so với các vương triều phong kiến chuyên chế trước và sau nó. Đó là việc sát hại hoặc vô hiệu hóa hàng loạt công thần khai quốc ngay khi chính quyền vừa mới được kiến lập theo phương thức “điểu tận cung tàng”, dẫn đến khủng hoảng chính trị mà mãi mấy chục năm sau Lê Thánh Tông mới khắc phục được.
